История школы начинается в 1822 году. В то время в селе Гамалеевка было две школы – земская и церковно-приходская. В церковно-приходской школе вел занятия поп Сократ Бельский, а в земской – дочь попа Софья Сократьевна. Со временем церковно-приходская школа была ликвидирована, и обучение велось в земской школе. С 1918 года она стала единой трудовой школой. Первым учителем, а затем первым директором школы была Иванникова Феодосия Алексеевна. Она приехала в село в 1922 году из города Бузулука. В 1937 году Иванникова Ф.А. была награждена орденом Трудового Красного знамени. В это же время работала учителем Расцветова Ольга Петровна. В 1926 году в школе был создан пионерский отряд. Вместе с пионерским отрядом школы станции Гамалеевка (поселка Гришинка) он составлял одну дружину, поэтому сборы дружины проходили совместно и поочередно то в одной, то в другой школе. Первым пионерским вожатым был Вялков Иван Алексеевич, впоследствии начальник железнодорожной станции Гамалеевка. Первыми пионерами нашего села были: Анпилов Николай, Малышев Петр (погиб в Великую Отечественную войну 1941-1945 г. г.), Болтенкова Полина, Хомяков Андрей, Кондрашина Александра.
До 1943 года школа была семилетней. В 1943-44 годах из поселка Гришинка в село Гамалеевка перевели среднюю школу. В военные и первые послевоенные годы в хозяйстве школы было два быка и лошадь, на которых возили глину для ремонта школы, топливо, чилигу для веников. Многие годы в школе были двухсменные занятия. Освещение до 1950 года было ламповое, и только в 1950 году во дворе школы было построено небольшое помещение, где был установлен электродвижок. Школа стала освещаться электричеством.
В 1958 году в пристанционном поселке Гришинка было начато строительство нового каменного здания, куда в 1959 году была переведена средняя школа, и с 1959 года в селе Гамалеевка школа стала семилетней, а с 1961 года - восьмилетней. Она размещалась все в том же старом деревянном здании.
Помещение для нее было тесным, поэтому в 1960 году слева от основного здания школы было построено здание для начальных классов. Учителями начальных классов в это время работали: Черных Анна Яковлевна, Трубина Мария Павловна, Карелина Елизавета Петровна.

В старом школьном здании классные комнаты были довольно просторными, наполняемость классов доходила до 40 человек, были и параллельные классы. Все мероприятия проходили в коридоре. В конце коридора была отгорожена маленькая комната для библиотеки. При входе в школу, в сенцах, был отгорожен уголок для хранения лыж. В пристройке слева от входа в школу была мастерская, рядом со входом в мастерскую стояла большая печь, в которую был вмазан котел на 25 ведер воды. Воду грели для мытья полов. Отопление в школе было печное. Во дворе школы был построен склад из плетней для хранения топлива. Директором школы в эти годы был Мелентьев Д.Н., после него Солонников Г.Г., с 1962 года – Чирков И.Г., с 1966 года – Мишина Л.Н., , с 1970 года по 1987 год – Горягин М.В.
Бывшие ученики школы тепло и душевно отзываются о строгом и требовательном учителе физкультуры – Семендееве Василии Семеновиче. При нем школа славилась лыжниками и стрелками. Команды школы участвовали даже в областных соревнованиях. Среди участников соревнований были – Ханина Мария, Михайловы Нина и Шура, Степанов Владимир. С гордостью и благодарностью бывшие ученики вспоминают о сильнейшем математике Седых Анне Илларионовне. Учителя Осипишина Серафима Григорьевна, Федоровская (Бредихина) Фаина Терентьевна запомнились многим ученикам своим умением организовать школьную художественную самодеятельность. В эти годы учителя и ученики ставили пьесы, которые пользовались большим успехом у сельчан.
В 1974 году 10 апреля по решению правления колхоза «Победа» (председатель колхоза Бацких М.А.) было заложено новое здание восьмилетней школы на 200 мест. Около Соснового бора, на небольшой возвышенности, и была построена новая школа, которая была открыта для ребят 8 октября 1976 года. В этот год в школе обучалось 180 ребят, преподавали в ней 11 учителей: Горягин Михаил Васильевич – директор школы, Расцветова (Зобова) Раиса Васильевна – завуч школы, Трубина Мария Павловна – учитель начальных классов, секретарь первичной партийной организации школы, Михайлова Валентина Алексеевна – учитель русского языка и литературы, председатель месткома Сергеева Любовь Павловна – учитель географии, Черных Анна Яковлевна – учитель начальных классов, Рыблова Валентина Яковлевна – учитель математики, Самкова Валентина Александровна – учитель немецкого языка, Карташова Валентина Дмитриевна – учитель математики, Решетова Валентина Ивановна – воспитатель интерната, Титова Любовь Григорьевна – воспитатель интерната. При школе был интернат для детей из близлежащих деревень Грачевка, Трудиловка, Красноречка, Новопокровка (42 ученика). В 1975 году по решению Сорочинского райкома ВЛКСМ в Гамалеевской 8-ей школе была создана первичная комсомольская организация. Член бюро РК ВЛКСМ Сазонов Владимир Петрович вручил знамя комсомольской организации школы. Первым комсоргом был избран Киселевич Владимир.
С 1965 года по 1981 год школа выпустила 374 человека, из них 123 окончили среднюю школу, 80 – получили среднее специальное образование, 43 – высшее.
В феврале 1986 года было принято решение на базе Гамалеевской восьмилетней школы открыть среднюю. На весенних каникулах учителя школы и учащиеся 9 и 10 классов оборудовали комнаты для библиотеки, склада, расширили актовый зал, подготовили помещение буфета под кабинет НВП. Ломали перегородки, штукатурили, красили, белили – работа была тяжелой и сложной. В мае директором школы был назначен Тарлавин Григорий Маркович, завучем – Приданникова Александра Алексеевна, военруком – Федоровский Петр Николаевич, мастером производственного обучения – Баронов Юрий Валентинович. Начальные классы занимали здание администрации. Школьный интернат находился тоже в этом здании. Основным воспитателем интерната была назначена Иноземцева Татьяна Николаевна.
В 1989 году была начата пристройка к школе на 9 классных комнат. В ноябре 1990 года пристройка к школе сдана в эксплуатацию. Все учащиеся школы с 1 по 11 классы разместились в одном здании.
С 1990 года по 2006 год школой руководила Приданникова Александра Алексеевна.
В 2006 году заместитель директора Мусакаева Наталья Борисовна была назначена руководителем школы.
В 2021 году школе было прсвоено имя ее выпускника, бывшего Генерального прокурора СССР Трубина Николая Семеновича.
В настоящее время школа является муниципальным бюджетным общеобразовательным учреждением «Гамалеевская средняя общеобразовательная школа №2 имени Н.С. Трубина" Сорочинского муниципального округа Оренбургской области, директором которой является Мусакаева Наталья Борисовна, заместителем директора по учебно-воспитательной работе – Ческидова Людмила Анатольевна, заместителем директора по воспитательной работе – Ханжова Нина Викторовна.